2001年，监理公司通过努力，将水利、交通监理资质升级为甲级，为承接更多的监理任务打下了良好的基础。7月份，院调整了科兴监理公司班子，公开选拔了公司常务副总经理和副总经理各1名，实现了领导班子的平稳过渡，增加了企业活力。班子调整后，承接了淮河入海水道河道整治、通启高速公路等监理项目。

2002年，科兴监理公司以南科院的专业特色为后盾，承接了淮河入海水道监理项目和通启高速公路监理任务。

2003年，科兴监理公司迎来自公司成立以来最繁忙的一年，新签合同是2002年的2.45倍，淮河干流临淮岗洪水控制工程北副坝工程、沪宁高速公路拓宽工程等一批水利、交通监理项目的实施，有力地增强了公司的实力，锻炼了队伍，培养了人才。

2004年，科兴监理公司保持了良好的发展势头，新签京杭大运河扩容工程皂河三线船闸、无锡环太湖公路路面工程等34个监理项目，通过加强项目核算，提高了经济效益。

2005年，面对新的市场形势，科兴监理公司及时调经营策略，跟随国家投资方向转移，发挥公司具有多项资质的优势，大力开发水运监理项目，扩大业务的区域范围，取得较好的成绩。

2006年，科兴监理公司发挥资质的优势，积极开拓水利、水运、公路等方面的业务，加强管理，新签合同不断增加。公司获得交通部优秀监理企业，该公司监理的杭金衢高速公路获浙江省“钱江杯”优质工程奖。

2007年，科兴监理公司在项目开发、经济效益及人才队伍建设等方面保持了持续发展势头，合同额又有增加。公司所监理项目“丁睢公路至宿邳、宿新公路宿迁市连接线工程”被评为江苏省“扬子杯”优质工程。