2001年11月，刘恒、胡四一任南京水利科学研究院副院长。见《关于刘恒等同志职务任免的通知》（部任[2001]52号）；

2001年11月，蔡跃波任南京水利科学研究院副院长。见《关于蔡跃波同志任职的通知》（部任[2001]53号）；2001年11月，刘恒、蔡跃波任党委常委。见《关于刘恒、蔡跃波同志任职的通知》（部党任[2001]33号）。

2002年1月，陈生水任南京水利科学研究院副院长、水利部农村电气化研究所所长。见《关于陈生水、刘勇同志职务任免的通知》（部任[2001]10号）；同月，陈生水任南京水利科学研究院党委常委、水利部农村电气化研究所党委书记。见《关于陈生水、于兴观同志职务任免的通知》（部党任[2002]5号）。

2003年2月，张瑞凯任南京水利科学研究院党委书记。见《关于张瑞凯同志任职的通知》（部党任[2003]11号）。

2003年11月，中共南京水利科学研究院第二次代表大会召开，大会选举马启南、左其华、刘兆衡、刘恒、孙金华、张瑞凯、李云、李雷、陆采荣、陆善萍、陈生水、林晓斌、金初阳、柏文正、胡又、章为民、蔡跃波为党委委员。接着召集党委、纪委第一次全体会议选举并经2004年1月江苏省委组织部批复，张瑞凯、柏文正、孙金华、左其华、刘恒、蔡跃波、陈生水等七人任中共南京水利科学研究院委员会常务委员会委员，张瑞凯任中共南京水利科学研究院委员会书记，柏文正任副书记、纪委书记。见《关于南京水利科学研究院党委常委、党委正副书记、纪委书记选举结果的批复》（苏组复[2004]2号）。

2004年8 月，任命蔡跃波为水利部大坝安全管理中心副主任，免去陆云秋的水利部大坝安全管理中心副主任职务。见《关于蔡跃波、陆云秋职务任免的通知》（部任[2004]40号）。

2006年4月，张建云任南京水利科学研究院党委书记，免去张瑞凯的南京水利科学研究院党委书记职务。见《关于张建云、张瑞凯同志职务任免的通知》 （部党任[2006]5号）；同月，张建云任南京水利科学研究院副院长。因胡四一2005年12月调任水利部副部长，免去副院长职务。见《关于张建云、胡四一职务任免的通知》（部任[2006]14号）。

2006年8月，张建云任南京水利科学研究院院长，免去张瑞凯的南京水利科学研究院院长职务。见《关于张建云、张瑞凯职务任免的通知》（部任[2006]30号）；同月，张建云任水利部大坝安全管理中心主任，免去张瑞凯的水利部大坝安全管理中心主任职务。见《关于张建云、张瑞凯职务任免的通知》（部任[2006]31号）。

2006年12月，李云任南京水利科学研究院副院长、党委常委。见《关于李云任职的通知》（部任[2006]49号）、《关于李云同志任职的通知》（部党任[2006]16号）。

下属机构干部任用情况如下：

表5-1 2002年9月南科院所属机构干部表

之后干部变化如：

院长办公室：刘兆衡（2006.7）任主任；刘兆衡（2003.7）、葛九峰（2003.7） 任副主任。

党委办公室：林晓斌（2005.5）任主任；卢俊（2005.5）任副主任。

监察与审计处：林晓斌（2003.7，兼）任处长。

科研管理处：戴济群（2006.9）任处长；戴济群（2003.7）、谢晓华（2003.7）、毛凤莲（2003.7）任副处长。

人事劳动教育处：马桂珍（2003.7）、杨东利（2003.7）任副处长。

财务与资产处：薛亚云（2003.7）任处长。

离退休人员管理处：林晓斌（2007.4，兼）任处长。

离休支部：常克强（2006.1）任书记。

退休第一支部：陆义邦（2006.11）任书记。

退休第二支部：沈朝慈（2006.11）任书记。

水文所离退休党支部：孔祥霖（2007.4）任书记。

水文水资源研究所：陈敏建（2003.9）、刘九夫（2007.8）任所长。

水工水力学研究所：李云（2003.10）、吴时强（2007.8）任所长；吴时强（2003.12）、胡亚安（2007.8）任副所长。

河流海岸研究所：陆永军（2007.8）任所长；陆永军（2003.10）任副所长（主持工作）任副所长，免去左其华兼任副所长职务。

岩土工程研究所：蔡正银（2003.10）任所长；陈胜宏（2003.12，兼）任副所长。

材料结构研究所：胡少伟（2003.10）任所长；蔡新（2004.3，兼）、汤雷（2007.3）任副所长；陆采荣（2004.12）任党支部书记。

大坝安全与管理研究所：李雷（2003.10）任所长；袁辉（2005.3）任中心管理处副处长。

农村电气化研究所、亚太小水电培训中心、：程夏蕾（2002.11）副主任、，徐锦才（2006.3）任副所长、程夏蕾（2007.2）任常务副所长。

江苏南水土建工程公司：赵维炳（2006.9）任总经理；赵维炳（2004.3,常务）任副总经理。

江苏科兴工程建设监理有限公司：唐云清（2007.8）任总经理。

工会：胡又（2005.5）任副主席。

这一时期，院内仍然设置多个兼职，如：左其华（ 2000.6）兼南京水利科学研究院实验中心主任；蔡跃波（2002.3）兼水利部基本建设工程质量检测中心主任。如同上一时期的南水公司、质检中心等机构一样，因为工作需要设了许多同级兼职（多数在原来职务职责范围内），有的一个机构的专兼干部多达10多个，不可能一一列出。同样，各所党支部只列书记，机关支部不列；公司只列正职（代理正职同正职），副职和兼职不列（无正职的列主持工作的副职）；如一个机构的干部均为兼职，则列其中之一。本期也照此办理。这一时期，同一个中层职务有专职又有兼职的如方庆明、姜树海、娄炎（2002.12），窦希萍（2006.9 ）任院副总工程师，方璟（2001.9）任材料结构所总工程师等。