1957年，严恺任水利部交通部南京水利科学研究所所长。“文革”中未兼任，1979年，严恺继续任所长。1984年1月3日，改任更名为水利电力部、交通部南京水利科学研究院的名誉院长。

1959年1月，南京水利科学研究所党的关系由南京市级机关党委转由高校党委领导。

1959年5月，水电部任命颜一平为副所长。

1959年8月20日成立了第一届党总支委员会。颜一平和王丛磊分别担任正、副书记。1960年，王丛磊受错误的反右倾运动影响，下放江苏省洪泽县工作。1962年回所任副所长。颜一平于1963年1月调江苏淮阴市工作。

1960年2月6日，中共南京市委同意华东水利学院党委书记胡叔度兼任所的党总支书记，崔静任副书记。胡叔度于1962年10月不再兼任，崔静于1961年11月调离。

1960年10月5日，水电部任命周松山为副所长。1961年增补为党总支副书记。1963年4月调离。

1962年1月23日，水电部任命于永林为副所长。

1963年5月，江苏省科委同意于永林为中共南京水利科学研究所总支书记。

1963年11月25日，水电部同意成立所务委员会。委员会由18人组成，并由严恺、于永林负责，委员由严恺、于永林、张书农、王丛磊、曲铎、孙敏、傅承伦、姜国干、刘越石、黄胜、陈伯起、邹思楙、何子峰、刘云呈、姜纯才、孙海宁、崔业荣、钟振才等组成。

1970年4月，经江苏省委决定，任命曲文为所革命委员会主任。

1972年7月5日，中共江苏省科技局核心小组同意南科所成立党的核心小组。曲文任组长，军代表朱荣芝任副组长。1972年9月，曲文调苏州工作。

1973年1月4月，经江苏省委决定，任命李树仁为所革委会主任。

1973年5月27日，经江苏省委决定，任命王丛磊、余岩任所革委会副主任。

1973年8月13日，中共江苏省科技局核心小组同意建立中共南京水利科学研究所党委。李树仁任党委书记，朱荣芝任党委副书记。1973年后朱荣芝、李树仁先后调离。

1974年10月，于永林任所党委书记，1983年离休。

1976年11月，杨鸿明任党委副书记。

1979年11月27日，经历了“文革”，江苏省委任命严恺继续兼任所长，王丛磊、姜国干、黄胜任副所长。王丛磊于1984年1月离休。

1980年6月30日，江苏省委任命窦国仁为副所长。

1980年12月27日，水利部任命杨鸿明、潘名嵩为副所长。

下属机构和干部情况如下：

表3-1  1956.7南科所所属机构干部表

之后干部变化如：

总支办公室：崔静（1959.10）、孙敏（1964.6）任主任。

所长办公室：曲铎（1963.8）任主任；刘云呈（1977.1）、臧镜松（1977.1）任副主任。

机关党支部：刘云呈（1963.3）、常文忠（1965.10）任党支部书记。

政工组：赵复泉（-®）、彭黎明（1975.4）任组长；赵国余（-®）、施秀英（1977.1）、陆水泉（1977.1）任副组长。（-®表示有记录，需要继续查证任命文件，下同）。

政治处：葛肄正（1966.4）任主任；刘云呈（1966.3）任副主任。

计划科：韩云贵（1957.2）代理科长。

水工研究室：苏建华（1962.5）任第一副主任；李增禄（1959.9）、刘云呈（1962.10）任代理党支部书记；苏建华（1963.3/1966.5）、杨鸿明（1973.11/1976.6）任党支部书记 。

河港研究室：刘越石（-®）、武忠南（-®）任副主任；张紫陌（-®）、陈兵（-®）、王满生（-®）、董晓（1963.3）、陈英（1976.6）任党支部书记。

河港、技术室党支部：傅承伦（1959.9）。

土、材支部：崔静（1959.9）、张佐民（1963.3）、梅立厚（1963.8协助/1964.7 ）、向平（1966.5）任党支部书记；李增禄（1963.3）、张佐民（1964.7）任党支部副书记。

行政管理、工厂支部：崔业荣（1959.9，兼）任党支部书记。

土工室：梅立厚（1966.5）任党支部书记。

材料结构研究室：陈伯起（1957.9）任副主任；李增禄（1962.5）任第二副主任；董晓（1975.11）、陆义邦（1977.1）任党支部书记。

学术秘书室：何子峰（1963.12，副处级）任主任。

人事科：李增禄（1959.10）任科长。

生产供应科：崔业荣（1959.10）任科长；姜纯才（1956.3）任副科长，曲铎（1972.6）、董晓（1973.11）任负责人。

行政管理科：崔业荣（1959.10，兼）任科长。

人保科：刘云呈（1962.5）任科长；韩云贵（-®）任副科长。

表3-2  1978年12月南科所所属机构及干部表

之后干部变化如：

政治处：光富根（-®）任副主任。

组织宣传科：光富根（1981.5）任副科长。

教育科：丁企（1982.7）任副科长。

业务处：陈德天（-®）任副主任。

机关党支部：刘云呈（1979.9）任支部书记。

水工研究室：柴恭纯(1982.9)任代理主任；李葆鑑（1980.3）、田德贤（1981.5）、柴恭纯(1982.4)任副主任；杜方（1979.10）任党支部书记。

土工研究室：蒋彭年（1980.3）任主任；陆义邦（1980.3）、朱维新（1980.3）任副主任；陆义邦（1979.6）任党支部书记。

河港研究室：刘家驹(1982.9)任代理主任；郝增荣(1982.4)、李昌华（1982.7）任副主任；沈朝慈（1978/1979.10）任党支部书记。

材料结构室：崔业荣（1979.6）、洪定海（1979.12）任副主任；董晓（1979.1/1979.6）任党支部书记。

基建科：韩云贵（1979.6）、杨业复（1982.4）任副科长。

仪器工厂：王金池（1979.10）任党支部书记。