2018年9月7-9日，共青团江苏省委、江苏省慈善总会发起“99公益捐”活动。院团委积极响应，以“南京水利科学研究院共青团”名义在腾讯公益网络平台创建专属活动页面，启动“团体一起捐”公益项目，为江苏省贫困家庭儿童大病救助项目“护苗行动”发起公益捐，荣获2018年江苏“99公益日”慈善活动优秀组织奖。

捐款有限，真情无限，晶莹的水滴虽然很小，但潺潺细流可以汇成江河。全院干部职工、团员青年踊跃参与、奉献爱心，有的不仅自己参与捐赠活动，还在朋友圈转发分享活动页面，邀请身边的亲友参与其中。此次活动，让大家以轻量、便捷、快乐的方式做公益，获得“指尖公益”让爱心翻倍带来的良好体验，更好地激发了每个人心中的善念，也展现了南科院青年强烈的社会责任感和奉献精神。